この間、Firefox の SQLite ファイルを vacuum して reindex したのですが、若干、立ち上がりが早くなったような気がします。ついでに、使用頻度の低いアドオンを片っ端から切り捨てたら、全体的に安定してきたような気も。
ブックマークもすべて Google Bookmark に切り替え、ローカルのものは現在使っていません。デフォルトでは過去 5 日分のバックアップが自動的に取られるようなのですが、about:config をいじってその数字を 0 に。効果があるかどうかは不明ですが、少しでもディスクの容量を節約できるのならば、やっておいてもいいかな、と。
firefox 3 が遅くなった→ SQLite reindex で解決＆高速化 - しおそるとというページと Mozilla Re-Mix: Firefox 3 のブックマーク自動バックアップを無効にする方法。というページが参考になりました。